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要从所有提交中删除PDF文件并保留本地文件，你需要使用git filter-repo命令或git filter-branch命令来重写历史。请注意，这将修改提交历史，因此需要小心操作，确保在执行之前备份数据。

以下是使用git filter-repo命令的示例，假设要删除所有PDF文件：

git filter-repo --path file.pdf --invert-paths

如果你要删除多个文件，可以使用逗号分隔，例如：

git filter-repo --path file1.pdf,file2.pdf --invert-paths

如果你希望使用git filter-branch命令，以下是一个示例：

git filter-branch --index-filter 'git rm --cached --ignore-unmatch file.pdf' --prune-empty

在每个命令执行后，你需要使用git push --force来将更改推送到远程仓库。请记住，在重写提交历史时要小心，确保你理解操作的影响。最好在执行之前备份仓库数据。